Lors de la mission STS-93 en juillet 1999, la Navette Columbia a subi deux avaries en 10 secondes au moment du décollage. Une de celles-ci aurait pu entraîner des problèmes désastreux.

Au moment de la mise à feu des moteurs principaux de la Navette, 6 secondes avant le lancement, une tige semblant à un clou de 22 mm de long servant à obstruer un trou d'injection d'oxygène liquide s'est soudainement détaché et est aller percuter la tuyère du moteur no 3. L'impact à très haute vitesse fit une bosse dans 3 tuyaux de refroidissement composant le mur de la tuyère. Dans ces canalisations circule de l'hydrogène liquide à haute pression. Ils ont aussitôt éclaté et laissé s'échapper le liquide hautement inflammable. Comme cet hydrogène sert à la propulsion, cette fuite a diminué la quantité disponible pour les moteurs, ce qui fit que la Navette n'atteignit pas l'altitude initialement prévue. À part cet inconvénient, la fuite ne représentait pas de réel danger.

Les photos ci-dessus montrent l'emplacement de la fuite observé après l'atterrissage et au moment du décollage. L'hydrogène s'enflammait pour créer une flamme blanche bien visible. Les images ci-dessous montrent les 3 conduites perforées.

Le deuxième problème, le plus grave, fut causé par un court-circuit dans le cablage se trouvant sous la soute cargo (là où était le télescope) qui entraîna la panne des ordinateurs commandant 2 des 3 moteurs principaux, 5 secondes après le décollage. Aussitôt, les ordinateurs de secours ont pris la relève et les moteurs ont pu continuer à fonctionner normalement. Si un seul de ces ordinateurs ne serait pas entré en fonction, il aurait fallu se départir des fusées d'appoint et du réservoir externe et procéder à un atterrissage d'urgence en Floride ou en Afrique, une manoeuvre qui n'a jamais été tentée.

Après l'atterrissage, le fil fautif a été retrouvé. Son isolation aurait été arrachée par un travailleur qui, en marchant dessus, l'aurait écrasé contre une tête de vis. Avec les vibrations du décollage, le fil dénudé serait entré en contact avec la vis, causant le court-circuit (image ci-dessous).